用途：硫氰酸胍可作为生化试剂，医药中间体。用于油脂工业脱脂，日用化工中作为强脂降解剂，生物制药上的细胞膜破裂剂。

化学脱毛剂是一种能使毛变软，毛强度变低，在2～6min内即可将毛抹去或冲洗掉的脱毛剂。由于毛干的成分与皮肤相似，化学脱毛剂难免会对皮肤有损伤，所以，脱毛剂列为特殊用途化妆品。巯基乙酸类脱毛剂是现今主要的脱毛剂，它逐步取代硫化物脱毛剂。这类脱毛剂使用的脱毛活性物为巯基乙酸及其盐、巯基丙酸及其盐、巯基乳酸及其盐。从性能和价格考虑，主要采用巯基乙酸及其盐类为脱毛活性物。一些溶胀剂(Swellingagents)的应用有助于加快巯基化合物脱毛剂脱毛作用的速度，从而，减少对皮肤的刺激作用。这类溶胀剂包括三聚氰胺、二氰基二酰胺或两者的混合物(w=0.5%～2%)、硫脲、硫氰酸钾、硫氰酸胍和PVP共聚物。

研究用途：硫氰酸胍已被使用:?在RNA分离之前裂解结直肠腺癌细胞系?作为PCR抑制剂用于三重线粒体DNA(mtDNA)qPCR检测硫氰酸胍是一种变性剂，常用于RNA分离。它被用作全血样本的储存缓冲液。硫氰酸胍能灭活核酸酶，是储存和冷冻粪便样本用于DNA研究的理想选择。在RNA提取中与酚-氯仿结合使用。